El examen de los genitales de un hombre puede ser una situación embarazosa y lo por mismo, conviene efectuarlo con delicadeza. Esta es un área muy sensible para los hombres y se deben evitar comentarios o expresiones que produzcan incomodidad.
La inspección
- el vello pubiano
- el pene
- el glande
- el meato uretral
- el escroto
- los testículos
- los epidídimos
- los cordones espermáticos.
- En los pacientes no circuncidados es necesario retraer el prepucio para examinar el glande y el meato uretral.

La palpación
- Los epidídimos se palpan como un cordón que sigue el borde posterolateral de los testículos y que es más grueso en el polo superior.
- Los conductos deferentes, cuando son normales, se palpan como cordones lisos, indoloros y forman parte de los cordones espermáticos.
- Torcion testicular Es la torsión del cordón espermático que interrumpe el suministro de sangre al testículo y a las estructuras circundantes en el escroto.
- Fimosis: consiste en la dificultad para descubrir el glande debido a un prepucio estrecho.
- Parafimosis: es la dificultad de deslizar el prepucio nuevamente hacia adelante después que se ha descubierto el glande, debido a que es estrecho; lo comprime y lo puede edematizar.
- Balanitis: es una inflamación del glande que ocurre sólo en hombres no circuncidados, frecuentemente con fimosis o diabéticos. Se debe a infecciones bacterianas o por hongos (Candida). Una balanopostitis es una inflamación del glande y del prepucio.
- Hipospadias: es una condición con la que la persona nace en la que el meato uretral desemboca más abajo de lo normal, en una posición ventral.
- Ulceras: pueden ser de distinto tipo y naturaleza. Entre las úlceras que afectan el glande y el prepucio destaca el chancro sifilítico que es una úlcera ovalada o redonda, de bordes indurados, fondo liso, y que aparece unas dos semanas después de una exposición a la enfermedad.
- Herpes genital: son vesículas superficiales rodeadas de un halo eritematoso, muy dolorosas, que se deben a una infección por el virus herpes simple tipo 2.
- Carcinoma del pene: es un cáncer habitualmente de tipo escamoso, que tiende a presentarse en hombres no circuncidados, poco preocupados de su higiene.
- Enfermedad de Peyronie: consiste en el desarrollo de bandas fibrosas en el dorso del pene, por debajo de la piel, que lo pueden deformar y provocar erecciones dolorosas.
- Uretritis: se puede encontrar una secreción que sale por el meato uretral, la cual debe estudiarse mediante tinciones de extendidos y cultivos de distinto tipo, según las causas probables (ej.: infección por gonococo)

Entre las alteraciones que se pueden encontrar en el pene, destacan las siguientes:
